联邦星舰企业号(23)

但在长期的航行之后，经过改造的旅行者号也发展出了现在已经成为一个机械生命的自己的自主思维，它开始思考自己在人类最初赋予的使命之外是否还有更多的存在意义，因此它选择了折返地球以找到自己的创造者人类，并渴望与之融合来理解自己存在的意义。意识到这一点之后，德克尔自愿成为了“牺牲”品，与之前接触时被旅行者号“消失”的领航员伊利娅上尉一起，融合成为旅行者号的一部分。在终于得到了与自己的创造者融合与互相理解的机会之后，旅行者号满意地离开了地球，继续它的漫漫航程。
在威者事件之后，德克尔和伊利娅被列为“在任务中失踪”。由此，柯克得以继续指挥进取号，将其作为自己的常驻旗舰。在驻进取号上完成了又一个五年任务后，2276年，柯克回到地球短暂休假骑马钓凯子
，而进取号则交由史波克指挥，并转到星际舰队学院作为学员训练舰。
2284年，柯克结束休假回到舰队“算了吧，女人哪有星舰有意思”
，并作为星舰学院学员的实习监管——虽然他选择这个位置只是为了能登上自己的老座舰，并看看自己的老朋友们。次年，柯克接到通知，瑞古拉一号实验室出了情况，希望他前去调查。在史波克的执意下，柯克重新接管了进取号，并指挥其前往瑞古拉一号空间站。
但这是一个陷阱。其时瑞古拉一号站在柯克的前妻卡罗尔·马库斯和柯克的儿子大卫·马库斯领导下，正在试验一种被称为“创世装置”（Genesis Device）的设备。这种设备可将一颗行星——某些情况下甚至不必是行星，一团足够密集的星云、尘埃团或小行星带也可以——从亚原子层面完全重构，使其逐渐演化为类地行星，但显然这种重构是以毁灭原有天体为代价的，并且会产生波及范围巨大的强烈能量释放。为此，契诃夫正随联邦星舰信望号（NCC-1864 USS Reliant，米兰达级星舰）一起，在附近寻找没有生命的行星，以为这种设备的试验寻找合适的试验场。他们到达了Ceti Alpha星系，知道可汗等人在Ceti Alpha 5号行星上，因此选择前往看起来完全不宜居的Ceti Alpha 6号。
然而，在行星轨道上他们发现了不应该出现的微弱能量读数，而着陆之后的景象让他们错愕不已——可汗站在他们面前。原来这里才是Ceti Alpha 5号——如前所述，Ceti Alpha 6号行星爆炸了，并将Ceti Alpha 5号推到了原来Ceti Alpha 6号的轨道上，变成了不宜居行星。可汗认为这一定是柯克对他的报复，他对此恼火不已，迫切希望向柯克复仇，为此立即用Ceti星系的寄生鳗控制了契诃夫，并带领着他的人夺取了信望号的控制权。随后他让契诃夫向瑞古拉一号发出通知，谎称柯克要求接管创世装置，并让他们立即将创世装置交给信望号。卡罗尔对自己的渣男前任又跑来插手非常不爽，于是一通电话打到星际舰队司令部兴师问罪，柯克也一头雾水，只能指挥进取号尽快前往瑞古拉一号。