赛尔号(7)

上的一个神秘而特殊的组织，其高于一切的使命是保证飞船安全。每一名队员都是赛尔号的眼睛与耳朵，对于可能发生的危险时刻保持最高警惕。他们也是所有船员的守护者，向有需要的赛尔伸出援手。航行过程中会出现很多任务，船长会第一时间通知先锋队员，那便是他们大显身手的时候。

海盗集团

欧比组织
是一个神秘的邪恶组织，无恶不作的他们干着贩卖精灵、掠夺能源、霸占星球的勾当。更可恶的是他们将精灵当作“小白鼠”般进行着更种残酷的实验，一旦实验失败，那些精灵也会随之灰飞烟灭！
对于赛尔号和他的船员们来说，该组织就像是一个破解不开的谜团，疑似为赫尔卡星幸存者，可能是曾经的赫尔卡星叛军
，然而欧比组织早在多年前就已神隐，谜团真就解不开了
。

圣光联军

此组织由圣灵谱尼建立，与混沌魔君索伦森组建的混沌教派对立。
秩序之战结束后，圣灵联军就此解散，各自维护赛尔宇宙的战后秩序。

混沌教派

此组织是由索伦森组建，与谱尼召集组织的圣灵联军对立，他们表面目的是建立新的宇宙秩序，真正目的是为让索伦森成神。
在与圣灵联军最后决战中溃败，残党以及混沌蒂亚斯和混沌魔尊逃走下落不明。

大暗黑天

此组织势力甚至遍布整个赛尔宇宙，目的是要统治全宇宙。曾被战神联盟等各方光明与正义势力击退。
在秩序之战中，与混沌教派明面上合作，暗中相互算计，大暗黑天趁此机会解除常长老艾夏拉封印，自此大暗黑天八位现任长老们聚齐。
秩序之战结束后，大暗黑天再次神秘消失，等待卷土重来时机。

圣殿英雄团

圣殿英雄团是宇宙间正义的守护者，守护宇宙、守望正义是圣殿英雄的追求，但同时英雄圣殿又有一条宗旨：“不能随意干涉外界（下界）事物”。主要成员包括四位圣殿英雄：圣光灵神、重生之翼、瀚宇星皇、天启帝君，以及一位被视为异端而遭到驱逐的前圣殿英雄混元天尊，后来其他三人又一致决定恢复天尊的身份，并把那个黑锅丢给帝君
，完美演绎了什么叫塑料兄弟情
。

陨星议会

该组织因不明原因而被封印多年，后来秩序之战被索伦森派手下唤醒过来，假意效忠索伦森。在圣灵联军牵制千魂要塞时率领混沌教派大军对失去守护兽星系屠杀。