名侦探柯南/主线剧情(37)

从此柯南在毛利事务所潜伏了下来
，一边帮助毛利解决案件，一边寻访着黑衣组织的蛛丝马迹。
005.新干线大爆破事件
柯南在火车上遇到了第一集将自己变小的两名黑衣男子，阻止了两人引爆新干线列车杀人灭口的计划，并成功得知了两人的代号：Gin和Vodka。（动画魔改之为两神似的路人，与主线无关，在后续中莫名其妙得到了两人的代号）
013.奇怪的寻亲杀人事件
组织成员宫野明美（化名广田雅美）为了助妹妹宫野志保脱离组织，策划了十亿元抢劫事件，得手后却不幸被Gin枪杀，但她只是组织的一名底层成员，临终前她向柯南透露这是一个笼罩着重重迷雾的庞大组织，而组织的代表颜色是黑色。（这一集同样被动画魔改，结果动画组被打了脸）
043.江户川柯南诱拐事件
新一的父母从博士处得知其变小，他们联手将柯南狠狠地戏弄了一番。绝对是亲生的……
054.电玩公司杀人事件
在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给Vodka打电话。不过随即案件发生，Tequila被误炸身亡。案件结束后，柯南得知了Tequila本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易而获得全世界最有才华的程序设计师的名单，所以柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧，不料即将到达时那里却忽然发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。
118.浪花连续杀人事件
连续杀人犯沼渊已一郎登场，后来柯南得知他只是组织里的小角色，是组织培养杀手的失败作品。
128.黑暗组织10亿元抢劫事件
因为之前与漫画对应的“013.奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里为自己当初的魔改收拾烂摊子，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原的出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里“少数有头脑的人之一”。

第二阶段：两个黑衣组织的女子！满月之夜的推理对决

时间线：129.来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 ~ 361.帝丹高中的学校怪谈（前篇）
身为科学家的组织成员宫野志保吃下APTX4869变小逃出，在投奔工藤新一的路上被阿笠博士收留，化名灰原哀。于是琴酒等人又开始四处搜寻叛徒，而FBI也因追踪组织成员贝尔摩德而来到了日本，从此本剧就正式成为了一部三方对决的大戏。在此期间，柯南逐渐得知了组织是有一项危害世界的庞大邪恶计划的，因此他与组织的对决也就不再仅限于寻找能使自己恢复原状的APTX4869的解药，而是成为了一场一边隐藏身份躲避组织追捕宫野志保的触角，一边窥测组织计划加以阻止的危机四伏的旅途。（两个黑衣组织的女子指灰原和贝尔摩德）