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2023-03-17 来源:118图库
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确定信号通路的方法有很多,特别是当我们已经把一个基因的细胞和动物功能阐述清楚后:
1)通过文献报道或者已知经验,比如分子A的功能是影响细胞自噬,那么像PI3K-Akt-mTOR通路等就是我们可以直接通过阅读综述获取的;
2)通过RNA-seq或者芯片或者其它组学手段,筛选差异基因并对差异基因进行pathway或者GSEA富集分析,从而找到可能被基因A调控的信号通路;
3)通过数据库预测,比如基于与基因A存在共表达关系来分析周围基因所参与的通路,从而得到A可能参与的通路,我们可以通过cbioportal/GEPIA对TCGA收录肿瘤中的信息进行分析,也可以分析GEO等非肿瘤的共表达结果,甚至有一些网站直接收录了这种共表达关系。
(2)明星分子
明星分子选得好,文章分数才能高,中游节点最常选,上下连接有得搞!
明星分子的概念大而且含糊,尽管通路是一个大的网络,但是总体上上下游关系还是存在的,如果简单来划分可以分为上游,中游和下游三段,三者之间没有严格的界限,一般的通路常常出现分子类型有:配体与受体,激酶/磷酸酶(去/泛素化酶)与底物,转录因子和靶基因等,以TGFβ-Smad通路为例,如果把细胞膜和核膜作为上中下分类的区分点,可以粗略的这么划分和标注:
那么在这个通路里面什么分子是明星分子呢?一般来说,大家选的重点集中在中游这个范围内,下游的分子(比如图中的p15)一般用来作为细胞表型(细胞周期)的证据,可能考虑到膜蛋白研究的复杂和困难性,大家也很少选择上游的分子,所以中游的分子就成了明星分子选择的重点了,特别是通路的名字叫做TGFβ-Smad,所以很多研究就是围绕Smad这个蛋白展开,比如Smad这个家族的蛋白即是转录因子,可以通过结合靶基因的DNA调控分子表达,其本身又可以被磷酸化发挥功能,所以又是激酶-底物这一关系中的底物这一角色
,因此激酶-Smad-磷酸化的Smad(转录因子)-靶基因就成了一个信号轴。
(3)中心法则
中心法则像楼梯,三个水平N多级,从大到小逐层找,推理验证少不了!
确定信号通路的方法有很多,特别是当我们已经把一个基因的细胞和动物功能阐述清楚后:
1)通过文献报道或者已知经验,比如分子A的功能是影响细胞自噬,那么像PI3K-Akt-mTOR通路等就是我们可以直接通过阅读综述获取的;
2)通过RNA-seq或者芯片或者其它组学手段,筛选差异基因并对差异基因进行pathway或者GSEA富集分析,从而找到可能被基因A调控的信号通路;
3)通过数据库预测,比如基于与基因A存在共表达关系来分析周围基因所参与的通路,从而得到A可能参与的通路,我们可以通过cbioportal/GEPIA对TCGA收录肿瘤中的信息进行分析,也可以分析GEO等非肿瘤的共表达结果,甚至有一些网站直接收录了这种共表达关系。
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,因此激酶-Smad-磷酸化的Smad(转录因子)-靶基因就成了一个信号轴。
(3)中心法则
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