在世界尽头咏唱恋曲的少女YU-NO(3)

在主角周围有自小一起长大的校园偶像澪（みお）、看来轻浮的校医绘里子、担任非常勤讲师的美月、以及校长也是老爸研究伙伴的龙造寺。
某日主人拿到了死去父亲寄来的信，信内是语焉不详的“平行世界”理论和奇怪的用具。深夜来到信上所说海滨地点的主角，看到了一名倒地的裸女。女性看到主角后，支撑着吻了主角而后怀着笑容而死。呆立的主角背后传来声音，那是父亲的研究伙伴声音--龙造寺说：这世界有无限的存在可能性，若是要在所有世界中移动必须借由你手上那东西才行。
拒绝对方武力威胁的主角脚下，在要被杀死的瞬间发生了地震，同时一个月前才转校的同班同学--神奈也卷入了这一切...，主角在冲击之下昏了过去...。